据Ball Guy介绍，《宝可梦传说Z-A》的故事线丰富多彩，包括“联盟锦标赛篇”、“黑帮篇”、“侦探推理篇”以及诸多彩蛋支线。在“联盟锦标赛篇”中，玩家将体验到类似《宝可梦 X/Y》对战屋的激烈对战，新角色Jacinthe和她的Mega快龙，以及随行女仆与她的Mega老翁龙，将成为玩家的强劲对手。而在“黑帮篇”里，玩家则将面对使用Mega蜈蚣王的黑帮老大Corriveau，以及他的得力助手、使用Mega盔甲鸟的Phillipe。
“菜单支线”这一故事线充满了幽默与惊喜。原《宝可梦 X/Y》中的反派角色库瑟洛斯奇，如今已转行经营起精英快餐车，而弗拉达利则展现出了与基格尔德进行心灵交流的能力，这一设定不禁让人联想到剧场版中的“心灵感应”。至于“侦探推理篇”，虽然目前具体内容尚未公布，但已足以激发玩家们的好奇心和期待。
回顾《宝可梦》系列的历史，GameFreak在叙事手法上不断探索与创新。在《宝可梦：朱/紫》中，游戏采用了“传说之路”、“冠军之路”与“星尘之路”三条分支叙事，虽然缺乏明确的主线，但丰富的角色塑造和剧情深度却赢得了玩家们的广泛好评。显然，GameFreak在《宝可梦传说Z-A》中也借鉴了这一成功经验，力求为玩家带来更加多元和沉浸式的游戏体验。
